Совладельцы квартиры делят вычет между собой пропорционально своим долям
Это следует из п. 17.1 ст. 217 НК РФ.
Так как вы и ваш брат получили требование из налоговой инспекции об уплате налога, по всей видимости, доли в квартире находились в вашей с ним собственности менее трех лет. В этом случае доход, полученный от продажи долей, облагается НДФЛ по ставке 13% (п. 1 ст. 224 НК РФ ).
Поскольку продажная стоимость квартиры равна 1,1 млн руб. ваш доход, полученный от продажи 1/2 доли в квартире, составляет 550 000 руб.